找到DNAMAN使用过程中最常见问题的答案
我们非常感谢您引用 DNAMAN 序列分析软件。请查看 DNAMAN 如何在同行评审期刊中被致谢。
DNAMAN 家庭和学生版许可证适用于希望将该程序用于与分子生物学和生物信息学相关的学校或家庭项目的学生(包括研究生、博士生和博士后)。家庭和学生版提供与其他 DNAMAN 版本相同的功能。如果您打算使用 DNAMAN 推进学术或工业应用的研究项目,则不得购买此版本。
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使用 Windows 浏览器浏览 DNAMAN 程序文件夹(通常是 C:\Program Files\DNAMAN)。找到文件 LBUpdate.exe 并右键单击它。Windows 将显示上下文菜单,选择"以管理员身份运行"。DNAMAN 将从 Lynnon 网站检查可用更新,并将自身更新到您许可的最新版本。
打开终端窗口并发出命令:sudo /Applications/DNAMAN/lcupdate。系统将要求您输入密码,请输入。DNAMAN 将从 Lynnon 网站检查可用更新,并将自身更新到您许可的最新版本。
理论上,DNAMAN 可以处理多达 2Gb(2x10^9)的序列。真正的限制是计算机的性能和资源。我们使用 10Mb 的序列测试了限制性分析和序列搜索功能。
您可以使用多达 16000 个序列,最大长度为 64000 个碱基。同样,限制是计算机的性能和资源。我们已成功使用该程序比对约 300 个氨基酸的 1000 个序列。
您可以使用多达 16000 个 DNA 片段,最大长度为 1Gb。同样,限制是计算机的性能和资源。我们已成功使用该程序组装约 2000 个碱基的 5000 个序列。
Windows 版 DNAMAN 具有集成的 Web 浏览器,而 Mac OSX 版本没有。Windows 版 DNAMAN 包括绘图程序 LBDraw,但 Mac OSX 版本没有。
多线程功能将繁重的计算任务分成并行运行。DNAMAN 的多重比对是多线程的。您可以同时启动多达 16 个多重比对进程。序列组装功能也是多线程的。从多重比对生成树也属于此类。